（1）干细胞具有归巢性，它是一类很聪明的细胞，就像自带了GPS，自动“导航”到身体需要修复的地方。
（2）干细胞具有多项分化性，之所以被称为“万用细胞”，即能够按照需要分化出不同功能的细胞。
（3）干细胞具有旁分泌性， 可以持续分泌各种人体所必需的生长因子/免疫调节因子等，直接刺激、激活人体的自我细胞、组织、器官修复和再生功能，消除炎症等。
当机体遭受损伤时，干细胞会自发去向损伤部位，这就好比干细胞身上装上了一个GPS，能无时无刻的指引它到达目的地——机体损伤后需要修复的部位。这种特性叫归巢性，是干细胞安全用于临床的关键。首先，干细胞回输进入体内后，在血管内与血管内皮细胞发生相互作用，由细胞表面的选择素及其配体发生特异性结合所介导，但二者结合较为松弛，使得干细胞能够锚定并沿着内皮滚动。而后，干细胞通过其表面表达的黏附分子与血管内皮细胞呈递的黏附配体结合，二者结合较为牢固，就好比干细胞走在滚动的流水线上一样，不停的向前移动。而后，机体会激活许多的细胞因子与趋化因子，如血小板衍生生长因子α、胰岛素生长因子-1、CXCL12和其他趋化因子。干细胞可变地表达多种其他趋化因子受体，这种表达谱在决定干细胞将迁移到哪些组织中可能是重要的。例如，在股骨缺损模型中，转化生长因子-β(TGF-β)-3能够增加内源性间充质干细胞向股骨头的迁移，从而增加骨体积和骨密度。然后，当达到损伤部位的血管时，干细胞会牢牢的附着于该部位的内皮细胞表面而不再发生移动，细胞表面整合素构象的改变促进了这一过程。间充质干细胞本身也可表达血管细胞黏附分子和细胞间黏附分子而使其附着性增加。最后，干细胞要穿过血管到达受损组织中去发挥其功能。例如间充质干细胞为穿透内皮细胞基底膜而表达CXCL12、c-kit配体以及分泌组织蛋白酶和基质金属蛋白酶等。这些成分在间充质干细胞的组织侵袭中起重要作用。
一般来讲，从细胞进入体内后开始计算大概7-10天左右就会被身体所逐步代谢凋亡，但实际上，间充质干细胞在体内主要发挥免疫调节和细胞因子分泌（旁分泌）的作用。
细胞对于身体内的组织器官的修复，以及对于休眠细胞的唤醒所起到的作用是较为长久的，甚至会达到 6 - 12 个月的作用效果。
干细胞发挥作用需要时间，是因为它们在体内的工作是一个循序渐进的过程。它们不像药物那样能够迅速地产生明显的症状缓解效果，而是像一场精心策划的持久战（归巢需要时间、旁分泌也需要时间、修复更要时间）。
它们首先要在复杂的体内环境中找到自己的 “战场”，然后根据周围组织的需求进行修复，还要与身体的免疫系统相互协调，避免被误当作 “敌人”。这个过程就像是培育一颗种子，从播种到发芽，再到茁壮成长，需要耐心等待。
对于那些组织器官有损伤的人群来说，回输干细胞可能会有比较明显的体感。就像是干涸的土地迎来了甘霖，受损的器官在干细胞的滋养下逐渐复苏。
例如一位患有严重关节炎的患者，干细胞可能会像一群技艺高超的工匠，慢慢修复受损的关节软骨，减轻疼痛与肿胀，让患者能重新较为自如地活动关节，这种变化他们能够真切地感受到。
而对于那些身体本身就比较健康的人群来说，可能体感就不会那么明显。因为他们的身体就像一艘平稳航行的大船，没有明显的漏洞与破损。干细胞进入后，更多的是像一群默默守护的卫士，在细微之处进行保养与维护，加固船身，预防可能出现的危险，虽然看不到波涛汹涌的修复 “大战”，但却在悄然提升着身体的整体健康防线。
