治疗肝硬化最为合适的干细胞是脐带间充质干细胞，特别是因为他们的多潜能性。一些临床应用治疗也显示了积极的结果，逆转由于药物疗法或化疗导致的肝损伤。间充质干细胞通常来源于骨髓、脐带、胎盘、脂肪、牙髓等组织中，其中脐带来源的间充质干细胞质量高、纯度高、数量多。
目前对于移植的脐带间充质干细胞发挥治疗作用的具体机制有了初步的了解，机制包括:
(1) 直接分化：在肝脏损伤微环境的影响下定植、增殖，并分化成为肝细胞发挥作用；
(2) 旁分泌途径: 在肝损伤环境中脐带间充质干细胞可以分泌不同水平的细胞因子相互影响，表现出抗炎症反应的作用，并可能激活肝内的肝干细胞，促进肝细胞再生；
(3)细胞融合: 脐带间充质干细胞可能直接与肝细胞融合，进而启动细胞的增殖过程；
(4) 间充质干细胞通过高表达基质金属蛋白酶降解细胞外基质，直接降解肝内过量沉积的细胞外基质，减轻肝纤维化；
(5)脐带间充质干细胞不仅能分化为肝细胞，而且在体内具有免疫调节的功能，减轻肝脏炎症反应和损伤。
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