治疗显示，间充质干细胞具有免疫调节特性。因此，专家也尝试利用MSC治疗SLE患者。孙凌云教授在国际上首先开展这方面治疗与研究。早在2007年，他带领的团队就通过输注间充质干细胞（MSC）治疗SLE5。之后，该团队也尝试脐带来源的间充质干细胞（MSC）治疗SLE。II期临床治疗的结果显示，治疗4年后患者的存活率为94%，50%患者的症状得到缓解，但也有23%的患者出现复发6。他们还发现脐带来源的MSC治疗SLE的效果显著。
2012年，专家为21位系统性红斑狼疮患者静脉回输脐带间充质干细胞，显著地降低了系统性红斑狼疮患者尿蛋白水平，降低了患者的疾病活动度，降低了系统性红斑狼疮疾病活动指数评分。
间充质干细胞移植对SLE患者疾病活动度及尿蛋白的影响
细胞输注前后通常会有下面指标的变化
血沉、CRP变化
MSCs移植后1、3、6个月，患者血沉较移植前均明显下降 (P<0.01)，MSCs移植后3、6个月患者CRP较移植前降低 (P<0.05)。
血清肌酐变化
2例肾功能不全的患者,1例患者在6个月时血清肌酐降至165.7umol/L，另1例患者经治疗后血清肌酐降低不明显。
血清补体及自身抗体变化
13例合并低补体血症患者移植后6个月时ANA滴度经由1：320降至1：100，3例患者经MSCs移植治疗6个月时ANA滴度由1：1000降至1：320，11例抗体阳性患者 dsDNA由移植前 (476．3±257．0)lU／ml降至移植后 3个月 (350．8±224．6)IU／ml(10例，P<0．05)，1例dsDNA抗体阳性的患者在移植后3个月转为阴性。
综上所述，MSC在因其免疫调节能力在自身免疫性疾病治疗方面极具潜力，尤其是在SLE当中取得了较好的治疗效果。
脐带间充质干细胞具有高度自我更新能力和多向分化潜能，并且具有强大的组织修复和免疫调节能力，因此可在自身免疫疾病方面具有很大的应用价值。
